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En l'an 2000, un astéroïde s'écrase sur le pôle Sud. Il s'agit du "Second Impact" , qui fait perdre la moitié de la population du monde... En 2015, Shinji Ikari , jeune garçon sans ambition et motivation particulières, se retrouve mêlé à une histoire qui le dépasse au plus haut point. Le père de Shinji , Gendô Ikari , est le directeur de l'entreprise qui protège et ses habitants, . Censée créer des armes, c'est en réalité une société secrète servant à garder de gigantesques robots surnommés les Evangelion ("Eva") en sûreté pour combattre "Les Anges" , des entités extraterrestres surpuissantes venant chercher Adam , le Premier Ange... Mais un seul contact avec cette chose et c'est le assuré, ce qui détruirait toute vie sur Terre... La mère de Shinji étant morte des années auparavant, il a été abandonné par son père et vit chez son oncle. Dix ans plus tard, Gendô commande son fils pour le nommer pilote d' , accompagné de Rei Ayanami et Asuka Sôryu Langley . Ainsi donc, trois enfants de quatorze ans portent sur eux le terrible destin de sauver l'humanité contre Les Anges en utilisant chacun un Evangelion.